1. Στα Μουσικά Σχολεία και συγκεκριμένα στην Α΄ τάξη των Γυμνασίων των σχολείων αυτών εγγράφονται μαθητές, απόφοιτοι των Δημοτικών Σχολείων, ύστερα από επιλογή. Η διαδικασία επιλογής διενεργείται κατά το χρονικό διάστημα από 15 μέχρι 30 Ιουνίου κάθε σχολικού έτους και σε εξαιρετικές περιπτώσεις κατά το χρονικό διάστημα από 1 μέχρι 11 Σεπτεμβρίου κάθε σχολικού έτους.
2. Για τον καθορισμό του αριθμού των μαθητών που θα φοιτήσουν στην Α΄ τάξη Γυμνασίου των Μουσικών Σχολείων ο Διευθυντής του Μουσικού Σχολείου εισηγείται στην Καλλιτεχνική Επιτροπή η οποία γνωμοδοτεί σχετικά. Η τελική απόφαση εκδίδεται από τον Ειδικό Γραμματέα Πρωτοβάθμιας και Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης του Υ.Π.Δ.Β.Μ.Θ.
Τα κριτήρια για τον καθορισμό του αριθμού των μαθητών που θα φοιτήσουν είναι: η κτηριακή υποδομή του σχολείου, το υπάρχον μόνιμο διδακτικό προσωπικό, ο αριθμός των υποψηφίων, η δυνατότητα πρόσληψης αναπληρωτών και ωρομισθίων εκπαιδευτικών και γενικότερα όλες οι προϋποθέσεις που εξασφαλίζουν την απρόσκοπτη λειτουργία του σχολείου.
3. Οι γονείς των μαθητών που επιθυμούν να συμμετάσχουν στη διαδικασία επιλογής οφείλουν να υποβάλουν αίτηση στο Μουσικό Σχολείο της περιοχής τους κατά το χρονικό διάστημα από 10 μέχρι 31 Μαΐου κάθε έτους.
4. Η συμμετοχή των υποψηφίων μαθητών στην επιλογή για φοίτηση σε Μουσικό Σχολείο δεν στερεί το δικαίωμα υποβολής αίτησης για συμμετοχή στις διαδικασίες εισαγωγής σε άλλο Πρότυπο Πειραματικό Γυμνάσιο.
5. Για την επιλογή των μαθητών που θα φοιτήσουν στην Α΄ τάξη Γυμνασίου των Μουσικών Σχολείων, συγκροτείται για κάθε Μουσικό Σχολείο, Επιτροπή Επιλογής (Ε.Ε.) που ορίζεται με απόφαση του οικείου Περιφερειακού Διευθυντή Εκπαίδευσης και με την εισήγηση της Καλλιτεχνικής Επιτροπής.
1. Μετεγγραφές μαθητών σε οποιαδήποτε τάξη του Μουσικού Σχολείου (Γυμνασίου - Λυκείου), από άλλο Μουσικό Σχολείο πραγματοποιούνται εφόσον υπάρχουν κενές θέσεις στο Μουσικό Σχολείο υποδοχής και σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις.
2. Αν υπάρξουν κενές θέσεις στις Β΄ και Γ' τάξεις Γυμνασίου καθώς και στην Α΄ τάξη Λυκείου από μετεγγραφή, απομάκρυνση μαθητών ή οποιοδήποτε άλλο λόγο, τότε αυτές οι κενές θέσεις συμπληρώνονται μέσω κατατακτηρίων εξετάσεων που πραγματοποιούνται μέσα στο δεύτερο δεκαήμερο του μηνός Σεπτεμβρίου κάθε σχολικού έτους. Οι εξετάσεις αυτές διενεργούνται από Επιτροπή κατατακτηρίων εξετάσεων που ορίζεται με απόφαση της οικείας Διεύθυνσης Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης και τη σύμφωνη γνώμη της Καλλιτεχνικής Επιτροπής.
Τα μαθήματα που εξετάζονται για τη Β΄ τάξη Γυμνασίου είναι η Μουσική Θεωρία και Πράξη, η Ελληνική Παραδοσιακή Μουσική, καθώς και τα υποχρεωτικά όργανα (πιάνο, ταμπουράς ή άλλο υποχρεωτικό παραδοσιακό μουσικό όργανο αναφοράς που διδάσκεται στο σχολείο) και προαιρετικά μουσικό όργανο επιλογής.
Τα μαθήματα που εξετάζονται για τη Γ’ τάξη Γυμνασίου και την Α΄ τάξη Λυκείου είναι η Μουσική Θεωρία και Πράξη, η Ελληνική Παραδοσιακή Μουσική, τα υποχρεωτικά όργανα (πιάνο, ταμπουράς ή άλλο υποχρεωτικό παραδοσιακό μουσικό όργανο αναφοράς που διδάσκεται στο σχολείο), η Ιστορία της Μουσικής και υποχρεωτικά μουσικό όργανο επιλογής.
Η ύλη των εξετάσεων προέρχεται από την ύλη που διδάχθηκε κατά το τρέχον σχολικό έτος και ανακοινώνεται στο σχολείο με τη λήξη του διδακτικού έτους.
Οι εξετάσεις διεξάγονται γραπτά, προφορικά και με ακρόαση.
Με απόφαση της Διεύθυνσης Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης της έδρας του Μουσικού Σχολείου ορίζονται τα τυχόν κενά της Β΄ τάξης και της Γ’ τάξης Γυμνασίου, καθώς και της Α΄ τάξης Λυκείου των Μουσικών Σχολείων, το αργότερο μέχρι την πρώτη μέρα της έναρξης του νέου σχολικού έτους. Οι αιτήσεις των ενδιαφερομένων γονέων μπορούν να υποβληθούν από την ημέρα της προκήρυξης των κενών θέσεων και μέχρι την προηγούμενη της διεξαγωγής των εξετάσεων. Επιτυχόντες είναι εκείνοι που έχουν συγκεντρώσει τουλάχιστον τη βαθμολογική βάση σε όλα τα εξεταζόμενα μαθήματα.
Τέλος, μαθητής που ενώ φοιτά σε τάξη του Μουσικού Σχολείου (Γυμνασίου ή Λυκείου) αποφασίζει, για λόγους προσωπικούς ή οικογενειακούς, να μετεγγραφεί σε Γυμνάσιο ή Λύκειο Γενικής Παιδείας, δύναται,εφόσον το επιθυμεί, να επανεγγραφεί στην αντίστοιχη τάξη του Μουσικού Σχολείου υπό την προϋπόθεση ότι δεν έχει παρέλθει διδακτικό τρίμηνο από την αρχική αίτηση μετεγγραφής του. Κατά τα λοιπά, ισχύουν τα χρονικά όρια που ορίζονται από τις κείμενες διατάξεις για τις μετεγγραφές (31 Μαρτίου εκάστου σχολικού έτους).